Научно-исследовательская деятельность играет в жизни университета одну из главных ролей. Ежегодно преподавателями ГУ публикуются более десятка монографий, за последние 5 лет защищено 4 докторских, 17 кандидатских (в т.ч. через аспирантуру ГУ) диссертаций, опубликовано 344 статьи в рецензируемых журналах, рекомендованных ВАК РФ. Издается научно-практический журнал «Вестник Гуманитарного университета. Событием не только университета, но всего города является ежегодная научно-практическая конференция ГУ, в которой принимают участие ученые из разных концов России и разных стран.
На сегодняшний день сформировалось несколько научных школ: философско-культурологическая, юридическая, социально-психологическая, экономическая. В аспирантуре ГУ по 7 направлениям идет активная подготовка кандидатов наук.